С 29 марта 2013 г. Томский и Красноярский филиалы ОАО «МТС-Банк» реорганизованы в структурные подразделения Новосибирского филиала.
В результате укрупнения география присутствия Новосибирского филиала расширилась за счет банковских офисов в городах: Омск, Томск, Барнаул, Кемерово, Красноярск.
Реорганизация филиальной сети МТС Банка, которая ставит своей целью повышение качества обслуживания клиентов и операционной эффективности, началась в конце 2012 года. Первыми в столичную сеть Банка влились офисы обслуживания Подмосковья. С 1 февраля 2013 г. точки обслуживания МТС Банка в Республике Коми пополнили сеть Северо-Западного филиала, а Саратовский филиал стал структурным подразделением Уфимского филиала. С 1 марта 2013 г. Тюменский и Челябинский филиалы реорганизованы в структурные подразделения Уральского филиала, а Волгоградский и Краснодарский филиалы — в структурные подразделения Филиала ОАО «МТС-Банк» в г. Ростове-на-Дону.
ОАО «МТС-Банк» несёт полную ответственность по всем действующим договорным обязательствам реорганизуемых филиалов.